Научно-исследовательский институт геологии и геофизики Воронежского государственного университета был создан в 1970 году на базе Проблемной научно-исследовательской лаборатории геологии и минерального сырья Центрально-Черноземного района. Она организована проф. Митрофан Степановичем Точилиным в 1964 году приказом Минвуза РСФСР и к 1970 году насчитывала около 60 человек, работающих по проблемам геологии и геофизики ЦЧЭР. Научным руководителем НИИ геологии был Н.А.Плаксенко, возглавлявший в то время Воронежский госуниверситет. Помимо фундаментальных, в институте по хозяйственным договорам проводились широкие прикладные исследования, в результате которых были получены обширные данные по геологии, минералогии, геохимии, геофизике как кристаллического фундамента, так и осадочного чехла Воронежской антеклизы, что позволило прогнозировать многие виды полезных ископаемых.

Первым директором НИИГ был Игорь Николаевич Щеголев

С 1974 по 1985 год – проф.Аркадий Дмитриевич Савко

В 1986 году институт был преобразован в Межкафедральую научно-исследовательскую лабораторию по геологии и геофизике, а в июне 2000 года приказом ректора ВГУ статус института был восстановлен, получил название Научно-исследовательского института геологии Воронежского университета, а его директором вновь назначен проф. А.Д.Савко.

С 2009 года директором НИИГ ВГУ является проф. Константин Аркадьевич Савко.